医学院经堂，建于1784年，正殿南北6间，东西5间，殿内供奉药王佛、药师佛和拉科仓的舍利塔，殿前厢廊内绘有人体脉络图18幅。医学院学僧主修藏医，也分三个学级。初级，学僧必须背诵《皈依经》、《绿度母经》、《观音心经》、《不动佛经》、《根本续》、《后续》。中级，背诵《释续》、《药王经》、《马王白莲经》等。高级，主要研究《四部医典》及《菩提道次第广论》。
　　医学院的学僧除了学习藏医原理外，还从事实践活动。每年四月下旬、六月上旬、八月份要外出采药，七月下旬开始制药，成药有散、丸、膏三种，并给各地患者看病治疗。医学院曾培养出许多杰出的藏医。现今该学院生产的“洁白丸”、　“九味沉香散”、”九味半黄散”三种药物已被列入国家药典；还有18种成药单方被列入西北五省（区）地方成药，拉卜楞寺还成立有藏医研究所。藏医学正在得到继承和发扬。

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